Кристаллизация нефелинитов начинается, вероятно, с нефелина (редко с оливина в оливиновых разновидностях), но уже на интрателлурической стадии к нему присоединяется клинопироксен, эволюционирующий по схеме: диопсид — эгирин-диопсид — эгирин. На длительном отрезке времени, почти до полной консолидации породы, происходит одновременное выделение этих минералов.

Микроструктуру основной массы определяют беспорядочно ориентированные тонкие призмочки и микролиты клинопироксена, идиоморфные (квадратные в срезах) кристаллики нефелина и мелкие зерна рудного минерала, сцементированные бурым вулканическим стеклом (редко, преимущественно в эффузивах) или апостекловатым мезостазисом — криптокристаллическим агрегатом цеолитов, хлорита, карбоната, анальцима и гидроокислов железа (нефелинитовая структура).